In Ost-Berlin geboren, studierte Sebastian Baumgarten Opernregie an der Hochschule für Musik Hanns Eisler in Berlin und assistierte während seines Studiums bei Ruth Berghaus und Einar Schleef. Von 1999 bis 2002 war er Oberspielleiter am Staatstheater Kassel und von 2003 bis 2005 Chefregisseur am Meininger Theater.
Seit 1996 inszenierte er unter anderem am Schauspiel Frankfurt, am Schauspiel Stuttgart, in Berlin an der Volksbühne am Rosa-Luxemburg-Platz, der Komischen Oper, der Deutschen Oper, am HAU und am Maxim Gorki Theater, am Hamburger Schauspielhaus, am Münchner Residenztheater, in Zürich am Schauspielhaus Zürich, am Theater Neumarkt und an der Oper Zürich, am Theater Basel, am Düsseldorfer Schauspielhaus, am Schauspiel Köln, am Schauspiel Leipzig, in Dresden am Staatsschauspiel und an der Semperoper sowie 2011 bei den Bayreuther Festspielen mit der Neuinszenierung von „Tannhäuser“. Zukünftige Arbeiten führen ihn u. a. an die Oper Zürich, das Schauspielhaus Düsseldorf, das Residenztheater München, das Maxim Gorki Theater Berlin und an das Volkstheater in Wien.
Auszeichnungen erhielt er für „Tosca“ am Staatstheater Kassel (2002, Götz-Friedrich-Preis), „Orest“ an der Komischen Oper Berlin (2006, Zeitschrift Opernwelt: Regisseur des Jahres) und „Die heilige Johanna der Schlachthöfe“ am Schauspielhaus Zürich (2013, Berliner Theatertreffen). Er ist Mitglied der Deutschen Akademie der Darstellenden Künste.
Nach Lehraufträgen an der Kunsthochschule Weißensee, an der Hochschule für Musik und Theater Hamburg, an der Hochschule für Musik Hanns Eisler und an der Shanghai Theatre Academy wurde er zu Beginn der Spielzeit 2013/2014 als Professor an die Hochschule für Musik und Theater München berufen und leitet seitdem den Studiengang Regie.
Am Staatstheater Cottbus war Sebastian Baumgarten in den 90er-Jahren bereits zu Gast und führte Regie bei „Herzog Blaubarts Burg / Erwartung (Schönberg / Bartók, 1995/96), „Amandas Traum“ (Weiss, 1996/97) und „Die Entführung aus dem Serail“ (Mozart, 1998/99).
Stand: Januar 2026